Fusion360にはAssyする為の原点を任意に作成する事が出来ます。
これはAPIでも作成・修正可能なのですが、表示/非表示させることが
出来ません。（何故・・・）
APIで提供されていない場合、可能性があるのはテキストコマンドです。
が、探したところ見つかりませんでした。（そもそもプロパティが無さそう）
そこで思い付いたのが、CommandDefinitionsでのコマンドの呼び出しです。
こちらを利用し、目ぼしいものをテキストコマンドで大量に試しました。
CommandDefinitionsオブジェクト1 - C#ATIA
3つ程、表示/非表示を切り替えてくれるコマンドが見つかったのですが、
現状が表示されているのか？非表示なのか？を判断する方法が未だに見つかりません。
（何かアクションを起こすと必ず表示される とかあれば良いのですが、
それも見つかりません）
それでも質問者さんが "新作したものは必ず表示されているので、何とかしたい" との事。
問題は、オカレンス（画面上はコンポーネント）内にあるジョイントの原点を選択状態に
出来ないという事です。・・・確かに出来ません。
調べたところ、プロキシなる観念があったようです。正直知りませんでした。
で、完成したのがこちら
Solved: Re: Show/Hide JointOrigin - Autodesk Community
ボックスを2つ作り全ての頂点にジョイントの原点を作成。
それを全て非表示にしています。
このジョイントの原点のアイコンなんですが、ずーーーっと取り組んでいたせいで
ニコちゃんマーク（スマイリーフェイス）に見えていました。
ナカナカ上手く行かなかったので、あざ笑われている感じがしてムカついてましたよ。
